本所畢業出路可至科技園區和傳統各產業，不限生醫產業。本所訓練的是生醫結合理工專業的跨專業人才，能適合的產學領域廣闊。隨著台灣生醫產業的經濟效益加重，本所畢業生將是未來國家產業尖兵，肩負國家經濟重任。以工研院(2011)統計，2009年醫療器材廠商約550家，醫療器材產值達566億，且逐年增加中。又高齡化社會的來臨，全球生技產業逐漸以醫療為主，生技產業躍升為明日之星，國家多項政策積極推動生技與醫療產業的發展。故我國未來生技產業人力將持續增加，且該領域屬高度技術專業，具有一定的就業保障。